A su regreso a España, Baños alternó su carrera como concertista —actuando como solista, en grupos de cámara y orquestas— con la composición. Durante unos años incluso fue saxofonista en la Armada, tras aprobar una oposición en 1997, algo que compatibilizó con conciertos en auditorios como el Auditorio Nacional de Madrid, el Centro Reina Sofía o diversos festivales de música contemporánea.
Su entrada en la música de cine comenzó en el ámbito de los cortometrajes, pero su salto decisivo se produjo gracias al actor Gabino Diego, quien le abrió la puerta al largometraje con Carreteras secundarias (1997, Emilio Martínez‑Lázaro). Al año siguiente, comenzó su asociación con Santiago Segura, componiendo la excelente banda sonora para Torrente: El brazo tonto de la ley (1998), primera entrega de la desopilante saga.
En 1999, comienza, a su vez, su extensa colaboración con Alex de la Iglesia con Muertos de risa, la que continuará con La comunidad (2000), 800 balas (2002), Crimen ferpecto (20041), Balada triste de trompeta (2010), y Veneciafrenia (2021); y en televisión la exitosa serie 30 monedas (2020-2023).
Desde entonces, su producción cinematográfica ha sido prolífica, con más de 60 películas en su filmografía, incluyendo trabajos destacados como Salomé (2002) de Carlos Saura; El otro lado de la cama (2002), Alatriste (2006) y Las 13 rosas (2007). En este último título, Las 13 rosas (2007), su música transmitió un profundo sentimiento junto a una cuidada pulcritud, logrando el reconocimiento por su intensidad emotiva.